重振平安時代（西元794－1185）以後衰微的西大寺的叡尊上人（西元1201－1290），派遣佛師善慶（西元1197－1258）等人前往京都清涼寺製作的作品，於西元1249年完成。清涼寺中安放著平安時代赴宋學習的奝然上人（西元938－1016）所帶回，古時從印度傳入，猶如釋迦牟尼翻版的知名釋迦像。西大寺的釋迦如來立像則是忠實地重現此像的作品。在素木（原木）上，飾以使用纖細的金箔線描繪的截金圖樣，內部收藏著許多的裝藏品。這尊雕像成為叡尊一門釋迦信仰的基礎，奉祀於本堂的中央須彌壇作為西大寺的本尊。

這是基於所謂中國五台山文殊信仰而來的文殊五尊像，中央為騎乘獅子的文殊菩薩，左前方是善財童子，右前方是手持獅子駕繩的優填王，左後是佛陀波利三藏，右後方則跟著最勝老人。叡尊上人（西元1201－1290）將文殊信仰作為根據之一，積極實踐救濟民眾。本像是在叡尊過世後，由門下弟子發願，並於叡尊去世13週年的西元1302年完成。文殊像的內部收藏著許多的裝藏品。

西元1247年，叡尊上人（西元1201－1290）擔任願主，弟子範恩擔任檀越（布施），祈禱西大寺的三寶久住（佛教教義永久傳承維持），並由佛師善圓（西元1197－1258）製作而成。愛染明王是將密教的奧義具體化之佛，也就是把煩惱和慾望淨化後，轉化為正向的生命力。這座雕像全身鮮紅，擁有三眼六臂，呈現發怒的表情，高30公分左右；雖然是尊小巧的雕像，卻充滿威嚴。雕像內部收藏著許多的裝藏品。平時不對外開放，但每年會特別開放2次。

天平寶字8年（764年）爆發了『藤原仲麻呂之亂』；為了祈求平定這場戰亂，孝謙上皇起願建造了四天王像。由於戰亂得以順利平息，因此隔年便依約鑄造了此尊佛像。據推測，佛像歷經了多次的損壞，約莫在室町時代進行修補，但是，四天王像腳下所踩的邪鬼，皆是維持著奈良時代創建之初所造的原貌。此為西大寺目前僅存於創建時期建造的唯一雕刻，成為極為珍貴的實例。

這是長谷寺式的十一面觀音像，展現為兼具地藏菩薩的慈悲與觀音菩薩的福德的菩薩像，是一座高約6公尺的巨大雕像。這原本是位於京都鳥羽上皇（西元1103－1156）進行祈禱的寺院十一面堂院的本尊，為西元1145年由佛師圓信（生卒年不詳）製作的佛像。在1229年十一面堂院倒塌後此像受到損傷，且遭放置將近60年，但因龜山上皇（西元1249－1305）下令遷往他所信任的叡尊上人（西元1201－1290）所在的西大寺，因此於1289年起安放於西大寺的四王堂中。

現在的西大寺的中心建築，建立在東塔遺址的北側。這個地點原本有著鎌倉時代（西元1185－1333）建設的光明真言堂，江戶時代中期，也就是18世紀末修建了現代的本堂取代。這是寬約26公尺，深約19公尺的寄棟造（廡殿頂），屋頂則是圓瓦與平瓦交互堆砌的本瓦葺。建築的前方與後方分別設立著以4根柱子支撐，寬度較寬的向拜（屋頂伸出的部分）。堂內以安放佛像的內陣，和從東、西、南三方包圍內陣的外陣隔間；內陣在北邊的中央設有須彌壇，東西則設有脅壇。10月時，本堂會裝飾得特別美輪美奐，並舉辦真言律宗最盛大的年度活動「光明真言會」。這是奈良市首屈一指，巨大且優秀的近代早期佛堂，未使用在建築當時常見的土牆工法，而以獨特的建築技法修建而成。

這是西元1280年完成的叡尊上人（西元1201－1290）座像。這尊雕像是為了紀念去世後被授予興正菩薩之名的叡尊上人80歲而製作的雕像，爾後則是全國分寺製作祖師叡尊肖像的根本像。像這種在生前製作而成的雕像稱為「壽像」。根據雕像內寫著的墨書顯示，這是弟子鏡惠與惣持發願，並由佛師善春（生卒年不詳）等人製作。這個左手拿有拂塵，右手欲拿取單片拍子木以觸及桌上拍子木的形貌，是傳授戒法教義的教師之姿。這是一尊具有威嚴且傑出的肖像雕刻，活靈活現又寫實地呈現了長長的眉毛、兩眼下的眼袋、額頭上浮現的血管等，被視為叡尊上人的翻版分身，珍重地傳承至今。雕像內部收藏著許多的裝藏品。